以色列总理办公室表示，以色列选择袭击伊朗的目标，是基于以色列的国家利益，而非美国的指令，以色列现在和将来都遵循这个原则。以色列传媒报道，以色列最初计划袭击伊朗的石油和天然气设施，但在美国持续施压下更改计划，最终只袭击伊朗的军事设施，以色列总理办公室说报道「完全不实」。至于有消息称以色列通过协力厂商警告伊朗不要还击，并向伊朗指出以方会袭击哪些目标，不会袭击哪些目标，以色列总理办公室亦否认，强调以色列在袭击伊朗，有告知伊朗以方的袭击时间、袭击目标以及袭击规模。以色列总统赫尔佐格称讚美国在相互合作上，是以色列的 「真正盟友」。赫尔佐格在声明中说，特别要感谢美国「公开和隐蔽的合作」，他没有详细说明。